Karena seringnya berjumpa dengan hal-hal gaib dan kehidupan sekolahnya yang sibuk, Nene Yashiro hampir tidak bisa beristirahat sampai acara menginap tahunan Akademi Kamome tiba. Nene bersemangat untuk melepas lelah bersama sahabatnya, Aoi Akane, dan teman-teman sekelasnya di acara kumpul-kumpul tersebut. Tanpa sepengetahuannya, acara menginap tersebut jatuh pada tanggal yang sama dengan Urabon, ketika garis pemisah antara yang mati dan yang hidup terdistorsi, memungkinkan roh-roh jahat muncul ke permukaan.
Ketika sesosok hantu jahat hendak menyerangnya, Nene diselamatkan oleh sosok misterius: Shinigami, Keajaiban Keenam yang dapat menjebak jiwa menggunakan serulingnya. Pada saat itu, Shinigami memperhatikan Aoi dan menculiknya untuk dijadikan tumbal yang akan menutup penghalang untuk selamanya. Bersama Hanako-kun dan Akane Aoi, Nene harus memulai perjalanan ke batas terdalam dunia orang mati untuk menyelamatkan sahabatnya sebelum terlambat.
