Berbeda dengan saudara kembarnya, Yukio, Rin Okumura tak pernah ingin tahu tentang orang tua mereka dan keadaan seputar kelahirannya sendiri. Namun, penguasa waktu, Mephisto Pheles, memberi Rin sebuah kunci yang membawanya kembali ke 40 tahun yang lalu, ketika mendiang ibunya, Yuri Frederick Egin, masih kecil. Dengan bimbingan Mephisto, Rin melompati masa kecil Yuri dan masa remajanya sebagai seorang pengusir setan yang masih dalam pelatihan.
Di awal cerita, Yuri bertemu Shirou Fujimoto, ayah angkat Rin dan Yukio. Saat Rin mengikuti kehidupan Yuri dan Shirou, ia menyaksikan secara langsung kemunculan awal Setan, ayah kandungnya, dan kengerian yang terjadi di Seksi 13 khusus Ordo Salib Sejati. Hubungan unik Yuri dengan Setan akhirnya membawa Rin ke kebenaran di balik peristiwa paling mengerikan dalam sejarah pengusir setan dan hari di mana ia dan Yukio dilahirkan—Malam Biru.
