Manusia dan iblis adalah dua sisi mata uang yang sama, begitu pula Assiah dan Gehenna, dunia mereka masing-masing. Satu-satunya cara untuk berpindah antar dunia adalah dengan cara dirasuki, seperti dalam cerita hantu. Namun, Setan, penguasa Gehenna, tidak dapat menemukan inang yang cocok untuk dirasuki dan karena itu, tetap terpenjara di dunianya. Dalam upaya putus asa untuk menaklukkan Assiah, ia mengirim putranya sebagai gantinya, dengan tujuan agar putranya pada akhirnya tumbuh menjadi wadah yang dapat dirasuki oleh raja iblis.
Ao no Exorcist mengikuti Rin Okumura yang tampak seperti remaja biasa yang agak bermasalah—hingga suatu hari ia disergap oleh iblis. Dunianya jungkir balik ketika ia mengetahui bahwa ia sebenarnya adalah putra Setan dan bahwa ayah iblisnya ingin ia kembali agar mereka dapat menaklukkan Assiah bersama. Karena tidak ingin bergabung dengan raja Gehenna, Rin memutuskan untuk memulai pelatihan menjadi pengusir setan agar ia dapat bertarung membela Assiah bersama saudaranya, Yukio.
